IX ЛІТНЯ ШКОЛА «МОЛЕКУЛЯРНА МІКРОБІОЛОГІЯ І БІОТЕХНОЛОГІЯ»
Одеса, 2014

Одеський національний університет імені І.І. Мечникова, Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України, Товариство мікробіологів України та Спілка біологів і біотехнологів Одеси спільно з представництвом компанії “БіоРад” з 9.06.2014 по 21.06.2014 проводять на базі ОНУ ІХ Літню школу з молекулярної мікробіології та біотехнології.

Запрошуємо до участі у школі молодих вчених та аспірантів! Усі витрати на відрядження несе сторона, що направляє (дорога, проживання, харчування). За бажанням учасника – проживання у гуртожитку ОНУза кошти учасника.

Заїзд для поселення в гуртожиток – 9 червня, початок занять о 12.00 9 червня, закінчення занять– 21червня.

Для співробітників академічних наукових та навчальних закладів України навчання безкоштовне. Організаційний внесок для учасників звиробництв, фірм, організацій та для іноземних учасників на покриття матеріальних витрат на лабораторні заняття -1100 грн. (еквівалент 100 Євро).

Заняття проводяться на кафедрі мікробіології, вірусології та біотехнології ОНУ за адресою Одеса, пров. Шампанський, 2.

Відбір дляучасті у школі – на конкурсній основі після розгляду усіх заявок.

Заявки на участь у Літній школі просимо надсилати до 26 квітняна електронну адресу Ця електронна адреса захищена від спам-ботів. Вам необхідно увімкнути JavaScript, щоб побачити її.

У заявці вказати П.І.Б., посаду/рік навчанняв аспірантурі, вік, заклад, спеціальність, наукові інтереси.

• ПРОГРАМА ІХ ЛІТНЬОЇ ШКОЛИ

  ПРОГРАМА ІХ ЛІТНЬОЇ ШКОЛИ «МОЛЕКУЛЯРНА МІКРОБІОЛОГІЯ І БІОТЕХНОЛОГІЯ» Одеса, 9 червня - 21червня 2014 року 

  Теоретичний курс (46 годин)

  Лекція 1 ІМВ НАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Молекулярна генетика і молекулярна мікробіологія. Сучасні наукові концепції в молекулярній мікробіології. Біологічний метроном. Теорія нейтральної еволюції. Адаптивні мутації. Прокаріотно-еукаріотна дихотомія. Сучасні схеми класифікації прокаріотних і еукаріотних мікроорганізмів і вірусів. Домени життя. (2 години) 

  Лекція  2 і 3 ІМВ НАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Первинна послідовність геномів. Методи встановлення первинної послідовності – сіквенс. Бактеріальна геноміка. Топологія цілісних бактеріальних геномів. Ортологи і паралоги. Кластери ортологічних генів (СОG).Концепція «найменшого генома». (4 години) 

  Лекція  4 ІМВ НАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Автономні генетичні елементи бактерій. Інсерційні послідовності, транспозони, системи рестрикції-модифікації, плазміди, бактеріофаги, острівки і острови патогенності. Ієрархія і мобільність автономних генетичних елементів, Автономні генетичні елементи і виникнення нових патогенних бактерій. (2 години) 

  Лекція  5 ІМВ НАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Бактеріальні віруси. Сучасна класифікація бактеріофагів. Фаги з хвостовими відростками – порядок Caudovirales. Помірні і вірулентні бактеріофаги. Стратегія розвитку каудовірусів. Віруси бактерій і археобактерій. Фаги ентеробактерій і молочнокислих бактерій.  Фаготерапія. (2 години) 

  Лекція  6 ІМВ НАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Геноміка профагів і островів патогенності. Фагова лізогенна конверсія. Фагові токсини. Концепція «моронів». Острови патогенності і системи секреції ІІІ типу. (2 години) 

  Лекція  7 ІМВ НАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Дефектні бактеріофаги і бактеріоцини. Роль у міжбактеріальному антагонізмі. Перспективи використання бактеріоцинів – типування бактерій, біоконтроль бактеріальних популяцій і терапія раку. (2 години) 

  Лекція  8 ІМВ НАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Геноміка плазмід. Плазмідні детермінанти патогенності. Вектори на основі плазмід. Молекулярна генетика плазміди  pTi– С58 Agrobacteriumtumеfaciens. Трансгенні рослини (2 години)  

  Лекція  9 ІМВ НАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Бактеріальні транспозони. ІS-елементи, інтегрони і генетичні касети. Формування множинної антибіотикорезистентності у бактерій. Концепція внутригеномних перебудов – геномний інженерінг. (2 години) 

  Лекція  10 ІМВНАНУ д.б.н. Товкач Ф.І.

  Екологія вірусів бактерій. Розповсюдження і роль в глобальних обмінах речовин. Нові методи в екології бактеріофагів. Світовий океан і віріопланктон. (2 години) 

  Лекція  11 ІМВ НАНУ д.б.н. проф. Підгорський В.С.

  Успіхи і досягнення сучасної мікробіології.

  Лекція  12 ОНУ д.б.н. проф. Іваниця В.О.

  Еволюція мікроорганізмів.

  Лекція  13 акад. НААНУ Сиволап Ю. М.

  Еволюція і специфічність геному. Генна інженерія рослин. Молекулярні маркери в генетико-селекційних дослідженнях.

  Лекція  14  д.б.н. Патика М.В.

  Основы микробиологических механизмов формирования процессоввосстановления и управления почвообразованием. Почвы как основа и их роль в формированиии сохранения биоразнообразия.  Биология ризосферы. 

  Лекція  15 ГУ УНИПИ к.б.н. Юрченко О.О.

  Использование секвенирования для изучения арбовирусов.

  Лекція  16 ОНУ к.б.н. Васильєва Н.Ю.

  Поняття про кластерний аналіз. Вимірювання спорідненості об’єктів. Проблема адекватності показників спорідненості і характеристики спорідненості організмів (2 години) 

  Лекція  17 ОНУ к.б.н. Васильєва Н.Ю.

  Методи кластерного аналізу. Алгоритми прямої класифікації. Визначення кластерів. Алгоритми розрахунку кластерного аналізу, які використовуються в біології. Критерії якості класифікації.  (2 години) 

  Лекція  18 ОНУ к.б.н. Васильєва Н.Ю.

  Поняття нумеричної таксономії. Ієрархічні алгоритми. Використання кластерного аналізу в нумеричній таксономії і філогенії. (2 години) 

  Лекція  19 ОНУ к.б.н. Ліманська Н.В.

  Agrobacterium tumefaciens: уникальный механизмпереноса генетической информации в геном эукариотических организмов.

  Лекція  20 ОНУ к.б.н. Галкін М.Б.

  Біоплівки. Механізм формування, особливості, біологічна роль. 

  Практичний курс (70 годин)

  Лабораторне заняття 1

  • Фаги порядку Caudovirales. Бактеріофаги Escherichiacoli: Т7 (родина Podoviridae), лямбда (Syphoviridae), Р1 і Т4 (Myoviridae). Класифікація. Морфотипи, організація віріонів. Віріонна ДНК.
  • Титрування фагів. Фагові бляшки (плаки), їх зв`язок з морфотипом, розміром віріонів та природою вірусів.
  • Препаративне одержання фагових часток. Метод злитного лізису чутливої культури. Концентрування фагових часток методом ПЕГ-преципітації (процедура Ямамото).
  • Виділення віріонної ДНК. Правила роботи з ДНК.
  • Рестрикційний аналіз. Ідентифікація бактеріальних вірусів за рестрикційними патернами їх геномів. (ОНУ, к.б.н. Крилова К. Д., к.б.н. Сергєєва .Ж.Ю., к.б.н.  Іваниця Т.В., к.б.н. Жумінська Г.І.)

  Лабораторне заняття 2

  • Молекулярна генетика помірного коліфага Р1. Загальна і спеціалізована Р1-трансдукція генетичних маркерів. Плазмідний профаг. Фагова система рестрикції-модифікації ЕсоР.
  • Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts 100)].
  • Одержання та тестування Р1-лізогенів.
  • Плазмідні профілі лізогенів.
  • Обмеження продуктивного розвитку бактеріофага лямбда в клітинах   E. coli (Р1) за рахунок R/М системи ЕсоР1. (ОНУ, к.б.н.  Жумінська Г.І.)

  Лабораторне заняття 3

  • Плазмідні профілі бактерій. Форма і розмір позахромосомних кільцевих ДНК.
  • Особливості виділення плазмід у грамнегативних бактерій із природних екологічних ніш. Лужний метод Kado і Liu.
  • Ізоляція плазмідного профага Р1 та плазмід ентеробактерій F, RP4, pCA25, рСА25::Tn9. Електрофоретичне розділення плазмідної ДНК. Залежність електрофоретичної рухливості ДНК від її розміру.
  • Трансформація бактеріальних клітин (метод з використанням хлористого кальцію) (ОНУ, к.б.н. Сергєєва .Ж.Ю., Боброва О.Є.)

  Лабораторне заняття 4

  • Іонообмінна та гель фільтраційна хроматографія віріонів та їх компонентів. Принципи рідинної хроматографії. Хроматографія високого та низького тиску. Сучасне обладнання для хроматографії. Виділення віріонів фага Р1 та Т7. Аналіз профілів елюції.
  • Ідентифікація мікроорганізмів за спектром жирних кислот з використанням методу газової хроматографії і системи MIDISherlock.  Електрофорез у поліакриламідному гелі. (ИМВ, к.б.н. Остапчук А.М., Король Н. А.)

  Лабораторне заняття 5

  • Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР) – синтез певного фрагменту ДНК invitro. Різновиди ПЛР. ПЛР-діагностика бактеріального раку винограду:  виявлення послідовностей Ті-плазміди патогенних штамів AgrobacteriumtumefaciensіAgrobacteriumvitis. Метод “біо-ПЛР” у діагностиці хвороб рослин. Правила роботи у ПЛР-лабораторії.
  • Виділення плазмідної ДНК методом теплового лізису бактеріальних клітин. Реакційні суміші для проведення ПЛР.
  • Ампліфікація послідовностей Ті-плазміди штамів Agrobacteriumtumefaciens і Agrobacteriumvitis.
  • Електрофорез продуктів ПЛР.(ОНУ, к.б.н. Ліманська Н.В., Коротаєва Н.В.)

  Лабораторне заняття 6

  • Застосування кластерного аналізу при побудові родинних зв'язків. Побудова філограм за допомогою комп'ютерних програм.
  • Множинне вирівнювання як попередній етап при аналізі родинних зв'язків.
  • Знайомство з основними пакетами програм, які застосовуються у філогенії (програми on-line).
  • Знайомство з програмою з аналізу первинної послідовності і побудова на її основі філограм (пакет MatLab).(ОНУ, к.б.н. Васильєва Н.Ю.)

• РОЗКЛАД ЗАНЯТЬ IХ МІЖНАРОДНОЇ ЛІТНЬОЇ ШКОЛИ

  РОЗКЛАД ЗАНЯТЬ IХ МІЖНАРОДНОЇ ЛІТНЬОЇ ШКОЛИ «МОЛЕКУЛЯРНА МІКРОБІОЛОГІЯ І БІОТЕХНОЛОГІЯ» 9 - 21 червня 2014 року

  Одеса, Шампанський пров. 2, Біологічний факультет, каф. мікробіології, вірусології та біотехнології, ауд. 27, 36.

  Пн 9 червня

  • 9.00 – 12.00  Реєстрація. Поселення.
  • 12.00 – 12.15 Офіційне відкриття IХ Міжнародної Літньої школи.
  • 12.15 – 13.00 Лекція.  Президент Товариства мікробіологів України академік НАНУ Підгорський В.С.  «Досягнення вітчизняної мікробіології».
  • 13.00 – 14.00 Обід
  • 14.00 – 16.00 Лабораторне заняття. Титрування фагів.
  • 16.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts100)].

  Вт 10 червня

  • 9.00 – 10.25 Лекція.  Д.б.н. Товкач Ф.І. «Молекулярна генетика і молекулярна мікробіологія. Біологічний метроном. Теорія нейтральної еволюції. Прокаріотно-еукаріотна дихотомія. Сучасні схеми класифікації прокаріотних і еукаріотних мікроорганізмів та вірусів».
  • 10.35 – 12.00 Лекція. Д.б.н. Патика М.В. «Основи мікробіологічних механізмів формування, відновлення та управління грунтоутворенням»
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 15.00  Лабораторне заняття. Трансформація бактеріальних клітин
  • 15.00 – 17.00 Лабораторне заняття. Препаративне одержання фагових часток. Метод злитного лізису чутливої культури.
  • 17.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts100)].

  Ср 11 червня

  • 9.00 – 12.00 Лекція.  Д.б.н., Товкач Ф.І.  «Первинна послідовність геномів. Бактеріальна геноміка. Топологія цілісних бактеріальних геномів. Ортологи і паралоги. Кластери ортологічних генів.Концепція «найменшого генома».
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 16.00 Лабораторне заняття. Концентрування фагових часток методом ПЕГ-преципітації (процедура Ямамото).
  • 16.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts100)].

  Чт 12 червня

  • 9.00 – 10.25 Лекція.  Д.б.н., Товкач Ф.І.  «Автономні генетичні елементи бактерій. Ієрархія і мобільність. Системи рестрикції-модифікації. Острівки і острови патогенності.»
  • 10.35 – 12.00 Лекція.  Д.б.н., Товкач Ф.І.  «Віруси прокаріот. Сучасна класифікація. Фаги з хвостовими відростками – порядок Caudovirales. Стратегія розвитку каудовірусів. Віруси бактерій і архебактерій. Фаготерапія.»
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 15.00 Лабораторне заняття. Виділення плазмід. Електрофорез плазмід. 15.00 – 16.30 Лабораторне заняття. Виділення фагової ДНК.
  • 16.30 – 18.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts100)].

  Пт 13 червня

  • 9.00 – 10.25 Лекція.  К.б.н. Галкін М.Б. «Біоплівки. Структура, молекулярні механізми формування та біологічна роль»
  • 10.35 – 12.00 Лекція.  Д.б.н., Товкач Ф.І.  «Геноміка профагів і островів патогенності. Фагова лізогенна конверсія. Фагові токсини. Концепція «моронів». Острови патогенності і системи секреції ІІІ типу»
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 16.00 Лабораторне заняття. Виділення фагової ДНК. Рестрикційний аналіз.
  • 16.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts100)].

  Сб 14 червня

  • 9.00 – 10.25 Лекція.  Д.б.н., Товкач Ф.І.  «Дефектні бактеріофаги і бактеріоцини. Роль у міжбактеріальному антагонізмі. Перспективи використання бактеріоцинів»
  • 10.35 – 12.00 Лекція.  К.б.н. Ліманська Н.В. «Agrobacteriumtumefaciens: унікальний механізмпереносу генетичної інформації в геном еукаріотних організмів»
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 16.00 Лабораторне заняття. Електрофорез фагової ДНК.
  • 16.00 – 17.00 Лабораторне заняття. Температурна індукція лізогена E. coli С600 [P1::Tn9 (Cmсts100)].

  Нд 15 червня Вихідний день

  Пн 16 червня

  • 9.00 – 10.25 Лекція.  Д.б.н., Товкач Ф. І.  «Геноміка плазмід. Плазмідні детермінанти патогенності. Вектори на основі плазмід»
  • 10.35 – 12.00 Лекція.  Акад. НААНУ Сиволап Ю. М. «Еволюція і специфічність геному»
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР). Електрофорез продуктів ПЛР.

  Вт 17 червня

  • 9.00 – 10.25 Лекція.  Д.б.н. Іваниця В.О.«Сучасний погляд на еволюцію мікроорганізмів».
  • 10.35 – 12.00 Лекція.  Акад. НААНУ Сиволап Ю.М. «Генна інженерія рослин. Молекулярні маркери в генетико-селекційних дослідженнях»
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Іонообмінна та гель фільтраційна хроматографія. Принципи рідинної хроматографії. Хроматографія високого та низького тиску. Сучасне обладнання для хроматографії. Виділення віріонів фага Р1 та Т7. Аналіз профілів елюції.

  Ср 18 червня

  • 9.00 – 10.25 Лекція.  Д.б.н. Товкач Ф.І.  «Транспозони, ІS-елементи, інтегрони і генетичні касети. Формування множинної антибіотикорезистентності у бактерій. Геномний інженерінг»
  • 10.35 – 12.00 Лекція. К.б.н. Васильєва Н.Ю.«Поняття про кластерний аналіз. Вимірювання спорідненості об’єктів. Проблема адекватності показників спорідненості і характеристики спорідненості організмів»
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Ідентифікація мікроорганізмів за спектром жирних кислот з використанням методу газової хроматографії і системи MIDISherlock.
  • Чт 19 червня
  • 9.00 – 10.25 Лекція.  Д.б.н. Товкач Ф.І.  «Екологія вірусів бактерій. Розповсюдження і роль в глобальних обмінах речовин. Нові методи в екології бактеріофагів. Світовий океан і віріопланктон»
  • 10.35 – 12.00 Лекція. К.б.н. Васильєва Н.Ю.«Методи кластерного аналізу. Алгоритми прямої класифікації. Визначення кластерів. Алгоритми розрахунку кластерного аналізу, які використовуються в біології. Критерії якості класифікації.»
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Ідентифікація мікроорганізмів за спектром жирних кислот з використанням методу газової хроматографії і системи MIDISherlock. Електрофорез у поліакриламідному гелі.

  Пт 20 червня

  • 9.00 – 10.25 Лекція. К.б.н. Васильєва Н.Ю.«Поняття нумеричної таксономії. Ієрархічні алгоритми. Використання кластерного аналізу в нумеричній таксономії і філогенії.»
  • 10.35 – 12.00 Лекція. К.б.н. Юрченко О.О.«Використання методу секвенування для вивчення вірусів».
  • 12.00 – 13.00 Обід
  • 13.00 – 18.00 Лабораторне заняття. Застосування кластерного аналізу при побудові родинних зв'язків. Побудова філограм за допомогою комп'ютерних програм Множинне вирівнювання як попередній етап при аналізі родинних зв'язків. (пакет MatLab).

  Сб 21 червня

  • 9.00 – 12.00 Лабораторне заняття. Знайомство з основними пакетами програм, які застосовуються у філогенії (програми on-line) Програма аналізу первинної послідовності і побудова на її основі філограм.
  • 12.00 – 13.00 Офіційне закриття IХ Міжнародної Літньої школи.