ХІІІ МІЖНАРОДНА ЛІТНЯ ШКОЛА-КОНФЕРЕНЦІЯ
«МОЛЕКУЛЯРНА МІКРОБІОЛОГІЯ І БІОТЕХНОЛОГІЯ»
за тематичним напрямом «Біоінформатика»

SCHEDULE Of XIII International Summer School from molecular microbiology and biotechnology

З 4 червня по 20 червня 2018 року на кафедрі мікробіології, вірусології та біотехнології Одеського національного університету імені І.І. Мечникова спільно з Інститутом мікробіології і вірусології імені Д.К. Заболотного НАН України, за підтримки Товариства мікробіологів України імені С.М. Виноградського та Спілки біологів і біотехнологів Одеси проходила ХІІІ Міжнародна Літня школа-конференція «Молекулярна мікробіологія і біотехнологія» за основним тематичним напрямом Біоінформатика.

Серед слухачів Літньої школи-конференції були молоді вчені та аспіранти з університетів та наукових закладів України (Одеський національний університет імені І.І. Мечникова, Дніпровського національного університету ім. Олеся Гончара, Запорізького національного університету, Національного наукового центру «Інститут експериментальної і клінічної ветеринарної медицини», м.Харків, Київський національний університет імені Тараса Шевченко.

У роботі школи як лектори брали участь заступник директора ІМВ НАНУ завідувач відділом молекулярної генетики бактеріофагів, д.б.н. Товкач Федір Іванович, д.б.н., професор, член-кор. НАНУ, завідувач відділу білкової інженерії та біоінформатики Інституту молекулярної біології і генетики НАНУ, завідувач кафедри молекулярної біотехнології та біоінформатики Київського національного університету імені Тараса Шевченка Корнелюк Олександр Іванович, д.б.н., професор, член-кор. НАНУ, завідувач відділу молекулярної біології Інституту біохіміх ім.. О.В. Палладіна Мінченко Олександр Григорович,к.б.н., с.н.с., зав. лабораторією біоінформатики та структурної біології Інституту харчової біотехнології та геноміки НАНУ Карпов Павло Андрійович, ст.н.с. Інституту біохімії ім. О.В. Паладіна НАН України, секретар Української асоціації біобезпеки (УАБ), к.б.н. Гергалова Галина Леонідівна, доцент кафедри мікробіології, вірусології та біотехнології ОНУ імені І.І. Мечникова к.б.н. Васильєва Наталія Юріївна, доцент кафедри комп’ютерної алгебри та дискретної математики Одеський національний університет імені І.І. Мечникова, к.фіз-мат.н. Савастру Ольга Володимирівна, професор Інститут сільського господарства м. Нант (Франція) Томас Хертле, професор університету Брайтона Сергій Міхайловський, співробітник університету Брайтона Любов Міхайловська, співробітник Департаменту медичний біосенсорів Алексій Шмідт, співробітник кафедри медичної хімії та біофізики університету Умеа Олена Рахімова (Швеція).

Лекційний курс ХІІІ Літньої школи з молекулярної мікробіології і біотехнології висвітлював питання бактеріальної геноміки, геноміки бактеріофагів і островів патогенності, геноміки плазмід, сучасного погляду на еволюцію мікроорганізмів, науковим концепціям в молекулярній мікробіології, бактеріальним транспозонам, ІS-елементам, інтегронам і генетичним касетам, структурній біоінформатиці. Досить багато часу було присвячено питанням клонування білків.

Цікавими і інформаційними були лекції Томас Хертле, який на власних дослідженнях показав необхідність інтеграції підходів класичної мікробіології і методів біоінформатики in silico.

Велика частина лекційного часу була присвячена питанням біоінформатики і її застосуванню у сучасної біології. Лекції Карпова П.А. були присвячені особливостям досліджень in silico та взаємодії біоінформатики з іншими галузями, специфічності генетичного коду та сучасним методам його налізу; методам вирівнювання послідовностей, використанню методів кластерного аналізу для вирішення біологічних завдань, фолдінгу білків, аналізу тривимірних структур та ідентифікація функції білка на підставі структури і доменного складу. Додатково були розглянути питання пов’язані з використанням бібліотек низькомолекулярних хімічних сполук: PubChem, ZINC, RCSB PDB Ligands (Ligand Expo), KEGG LIGAND, BindingDB; бібліотеки макромолекулярних мішеней, лігандів і ліганд-білкових комплексів, як основи раціонального драг-дізайну, молекулярного докінгу та високопропускного віртуального скринінгу.

Лекції Сергія Міхайловського були присвячені актуальним питанням подання проектів і пошуку партнерів серед світової наукової спільноти.

Корнелюк О.І. на своїх лекціях на прикладі грід-технологій показав необхідність інтеграції комп'ютерних знань і навичок в біологічні області, пов'язану з розвитком напрямку постгеномної біоінформатики.

На практичних заняттях учасники отримали навички програмування в використанням язиків R, Python і Biopython, вирішували завдання пов’язані з використанням кластерного аналізу, філогенетичного аналізу, побудови філогенетичних дерев. Опонували роботу з біологічними базами даних – GenBank, UniProt, PDB та інші. Отримали навички роботи з доменами: прогноз доменної архітектури in silico; інструменти SMART, Pfam, PROSITE. HMM (Hidden Markov Model’s); порівняння та вирівнювання структури білків. Навчились візуалізувати тривимірні молекулярні моделі in silico. Ознайомились з можливостями використання грід-технологій для моделювання молекулярної динаміки.